Der junge Matrose Billy Budd fällt durch sein positives Wesen und sein blendendes Aussehen auf. Dann wechselt er von einem Handelsschiff gezwungermaßen auf ein Kriegsschiff. Schnell übernimmt der höfliche, freundliche und bescheidene Billy anspruchsvollere Aufgaben. Doch langsam wächst der Neid bei den Kollegen. Der Waffenmeister John Claggart stichelt bei jeder Gelegenheit und setzt üble Gerüchte in die Welt. Die Stimmung an Bord kippt. Der arglose Billy geht mit der Situation eher unbedarft um. Schließlich bezichtigt Claggard Billy bei Kapitän Vere, eine Meuterei zu planen. Der Kapitän ruft Billy zu sich. Die drei stehen zusammen und Claggard wiederholt seinen Vorwurf. Billy ist sprachlos und rasend vor Wut. Im Affekt tötet Billy Budd den Waffenmeister Claggard. Der Kapitän sperrt Billy ein und das Kriegsgericht spricht den jungen Matrosen schuldig. Die Mannschaft und der Kapitän ahnen, dass an den Meutereivorwürfen nichts dran ist. Der Tag der Hinrichtung kommt. Alle versammeln sich an Deck. Da tönt aus der Ferne ein unheimliches Grollen.
Melville beschreibt meisterhaft die Intrigen an Bord des Schiffes. Der scheinbar harmlose Junge begeht einen Mord und der Kapitän gerät in einen Gewissenskonflikt. Die Handlung dient als Rahmen zu einer Abhandlung über Recht und Gerechtigkeit.